一、行政院農業委員會農糧署（以下簡稱本署）為執行流域綜合治理計畫農糧作物保全項下農業防災作為(以下簡稱本計畫)，特訂定本補助作業原則。
二、本計畫第一期(一百零三年至一百零四年)補助範圍為宜蘭縣三星鄉、雲林縣西螺鎮及二崙鄉、嘉義縣新港鄉及高雄市梓官區等五處蔬菜產區為優先，並於一百零五年度起擴及其他已完成之蔬菜產區治理改善規劃報告之夏季蔬菜產區。
三、蔬菜生產、減災及產製貯銷設施(備)補助對象及申請條件如下：
(一) 補助對象：
      1.補助範圍內之農業產銷班班員、農民。
      2.補助範圍內依農會法、合作社法組成，並登記有案之農民團體及其會、社、場員。
(二) 申請條件：
      1.蔬菜生產及減災設施(備)，應搭建於補助範圍內且合法使用之土地。
      2.產製貯銷設施(備)於補助範圍內須設置或使用。
(三) 其他原則：
      1.本計畫補助項目以不重複補助為原則。
      2.河川區不納入計畫補助。
四、補助之優先順序如下：
(一) 依據流域綜合治理計畫農糧作物保全治理規劃報告所規劃之農糧作物保全地區。
(二) 以夏季期間種植葉菜類及瓜果類蔬菜之農戶為優先。
(三) 經直轄市、縣(市)政府會商農業試驗所及各區農業改良場意見，按地區農業生產環境與發展特色，規劃發展地區之特色蔬菜種類。
五、補助申請方式與實施程序如下：
(一) 申請方式：
1.由直轄市、縣(市)政府依據已核定之流域綜合治理計畫農糧作物保全治理規劃報告公告補助範圍，並函請區域內鄉(鎮、市、區)公所及農民團體(以下簡稱執行單位)調查設施(備)需求及輔導填具申請表(如附表一至附表三)。
2.由執行單位指定聯絡窗口(聯絡人)，協助彙整有意願農戶申辦案件，連同農戶名冊(如附表四)書件資料，函送直轄市、縣(市)政府，並副知本署各區分署。
(二) 實施程序：
1.審查標準：依據治理規劃報告及審查評分表(如附表五至附表七）進行審查。
2.審核方式：依行政院農業委員會農糧署辦理流域綜合治理計畫農糧作物保全農業防災作為執行注意事項辦理。
六、補助基準及項目，詳如附表八。
七、補助計畫追蹤及查核程序如下：
(一) 蔬菜生產及減災設施及產銷設施：
1.施工前由執行單位利用具備衛星定位之相機或行動載具(如手機等)拍攝擬搭建設施用地現況，提供具設施座落土地座標之素地照片，確認為新建之用地（單獨設置減災設施者，實施地點可存在既有溫網室設施），始同意搭建（設置）；申請溫網室披覆組件更新者，須確認實施地點既存溫網室設施，始同意更新（如附表九）。計畫核定前已先行施工者，不予列入計畫補助；申請人倘因配合農時須先予施工者，得於送案申請時敍明原因、併提具切結，向執行單位提請啟動施工前會勘作業，惟所送申請案之申請內容，不等同計畫之核定或其核定結果。
2.施工中由執行單位勘查拍照留存。
3.完工後由執行單位辦理驗收(驗收紀錄包括驗收時間、地點、設施種類面積、驗收結果、驗收人員、監驗人員等項目)，再邀請所轄直轄市、縣(市)政府進行現場查核會勘，確認為新建設施(整體設施皆須為新品)，始予核銷（如附表十）。
(二) 農機具及減災設備部分，接受補助者於購置設備後一個月內(以開立統一發票日期為準)，應向農民團體或公所提出申請查驗，查驗人員應於一星期內核對購買人姓名、 身分證字號、地址、機種、廠牌型式、本機及引擎號碼、農機具主要規格等是否與發票資料相符 ，且所購設備需為新品，完成組裝後需以顯明色彩油漆標示「農糧署 ○ 年流域綜合治理計畫專案補助」，倘需申領農機使用證者， 應依農業機械使用證管理作業規範規定申領之（如附表十一） 。經查驗通過後，由農民團體或直轄市、縣（市） 政府依計畫補助額度及相關程序辦理核銷（如附表十二）。
(三) 為確保計畫執行成效，直轄市、縣(市)政府得會同本署各區分署辦理年度補助項目之查核與輔導。
(四) 計畫執行應依流域綜合治理計畫考核作業要點辦理督導與進度查核工作。
八、補助經費請撥及核銷程序如下：
(一) 補助款應專款專用，可支用於建造費、直轄市及縣(市)政府行政業務費等。但不得用於建物取得(含租賃)及環境影響評估費用。其中行政業務費應依本署規定編列。
(二) 農業用地上興建有固定基礎之設施，應依相關農地法規申請辦理，取得相關合法文件後始得申領補助款。
(三) 執行單位辦理設施(備)核銷時，需由承包商開立全額發票，不得另以工資清冊核算計列。
(四) 執行單位向直轄市、縣（市）政府申請經費撥付時，須檢附請款領據、全額發票影本、驗收紀錄、會勘表影本(施工前及完工後)、照片(施工前、中、後照片各一張)及計畫成果等相關資料及電子檔。照片請標明受補助單位(農民團體、產銷班或個別農戶)名稱、搭建地段地號、設施種類及補助面積。直轄市、縣(市)政府於各期向本署申請經費撥付時，應檢附納入預算證明、請款收據、直轄市、縣(市)政府審核簽章之補助款核銷清冊（附表十三）及計畫成果等資料，並副知本署各區分署。
(五) 本計畫補助之設施(備)或農機具必須為計畫辦理期間購置之新品，不得以舊品充當新設施(備)核銷。違反者，應繳回全數補助款，該農戶、產銷班或執行農民團體不得再予補助。
(六) 為利計畫查核，受補助人應於補助溫網室設施蓄水池或其他減災設施（備）明顯位置標示或立牌說明「農糧署○年流域綜合治理計畫專案補助」字樣，字體大小以長寬各五公分為原則，並以耐用材質設置。
九、本署得依照實際情況或配合流域綜合治理計畫考核工作小組至現場實地訪查。現勘時，得邀集執行機關、經濟部水利署及相關單位。必要時得邀請本署審查小組委員參與。
十、各執行單位應指派專人按月於相關管理(或填報)系統網站填報。各執行單位上網填報辦理情形將列入後續補助案件審議重要依據。
十一、補助計畫有下列情形之一者，本署得取消原核定補助款：
(一) 逕自變更計畫或內容與原來函報計畫項目不符者。
(二) 核定補助計畫後，逾三個月無正當理由未執行者。
十二、執行計畫後續維護管理機制如下：
(一) 執行計畫完竣後，執行機關應依執行計畫之管理維護項目通知受補助農戶依照計畫管理。
(二) 受補助農戶應配合參與計畫執行、查核及驗收作業。
(三) 執行單位應將計畫完竣後之財產點交、管理、維護及計畫執行情形，列入次年度計畫說明書之報告項目，並作為後續計畫審議重要參考依據。
(四) 蔬菜生產及減災設施除天然災害及或不可抗力因素外，受補助申請戶應維持完成驗收現狀至少五年。
(五) 農機部分：
1.補助之機具設備，須按實際購置金額按補助比例計算補助款，超出部分由執行單位自行負擔。
2.補助購置之機具設備必須為新品，且三年內未曾接受其他計畫補助，如有虛報、套購或因故退貨時，應繳回補助款。
3.補助之機具設備，自購置後五年內不得轉讓，除因故必須轉讓，並經執行單位同意外，應追回補助款。
4.補助之機具設備在購置後應盡善良管理人之責任，五年內發生遺失、失竊等情事，受補助者應向當地警察單位報案協查，並函請執行單位報直轄市、縣（市）政府知悉。相關單位抽驗時，受補助者無法提供報案三聯單佐證，應廢止補助，並追回補助款。